1948년 4월 동아대학교 야구반을 창설하여 1954년 10월 제1회 대한학생야구대회와 1955년 10월 제36회 전국체육대회에서 우승하였으며, 1956년 동아대학교 야구부로 승격, 1957년까지 2년간의 전국대회에서 4차례 우승하며 그 명성을 공고히 하였다. 1958년 배성수 감독의 취임 이후 2차례 전국대회에서 우승하였으며, 1961년 안영필 감독 취임 이후 1974년까지 전국대회 우승 8번, 준우승 12번의 성적을 거두었다. 1977년 강병철 감독이 지휘봉을 이어받아 1978년 제59회 전국체육대회 우승을 필두로 1982년까지 총 8회 우승, 4회 준우승의 성적을 거두었다.
1982년 어우홍 감독이 취임하며 1983년 5월 제17회 대통령기 전국대학야구대회와 1983년 10월 제64회 전국체육대회에서 우승하였으며, 1984년에는 김차열 감독이 취임하였다. 이후, 1985년 이형 감독이 취임하여 1996년까지 전국대회에서 5차례 우승하였으며, 1999년 김창복 감독이 취임하여 2002년 4월 전국대학야구춘계리그에서 우승하였다.
2007년 3월에 취임한 김석연 감독은 2011년 9월 제66회 전국대학야구선수권대회 우승으로 명맥을 유지하였으며, 2012년 12월 이재헌 감독이 지휘봉을 이어받아 2016년 9월 한국대학야구연맹회장기 전국대학 야구대회와 2018년 10월 제99회 전국체육대회에서 우승하였다.